Начиная с середины 14 в. территории, где было распространено христианство, существенно сократились, под угрозу было поставлено само его существование. В 1453 османы захватили Константинополь, центр православия. В том же веке они появились под стенами Вены, успев захватить всю Грецию и Балканы и едва не превратив Средиземное море во внутреннее море своей империи.

Османы не искореняли христианство в захваченных ими областях, однако лишали христиан почти всех прав. В результате вселенские патриархи были фактически вынуждены покупать свой сан у султанов, и многие из епископов, назначаемых в балканские церкви, не владели даже языком своей паствы. Принятие ислама монголами, под властью которых находилась вся Средняя Азия, и особенно походы Тамерлана (1336-1405) привели к значительному сокращению числа христиан в этом регионе и к полному исчезновению христианства во многих землях.